

El Municipio de Santiago de Tolú tiene una extensión de 35.750 hectáreas, de las cuales 30 Km son de Costas. Corresponde al núcleo densamente poblado un área aproximada de 700 hectáreas lo que sería un 1.95% del área total del Municipio y unas 35.050 hectáreas, que son el 98.05%, corresponden a las áreas del sector rural, como lo son áreas de vocación Agropecuaria, de reserva Ecológica, Forestal y Asentamientos Poblacionales Menores.
El Municipio de Santiago de Tolú Presenta paisajes geomorfológicos definidos: la zona plana se presenta en forma de corona, su inclinación es escasísima, hasta el punto de que en promedio de los Montes de María hacia el mar la llanura solo desciende dos metros por cada Kilómetro, ésta se cierra tanto al Norte como al Sur por la aproximación de las montañas al mar.
De Cispatá hacia el Norte y todavía más allá de San Onofre se extienden los cerros de Colosó que representan los filos más occidentales de los Montes de María. Su prolongación más occidental está constituida por la comarca de colinas que forma el borde septentrional del Golfo de Morrosquillo y las Islas de San Bernardo. Hace parte de la llanura costera aluvial del Golfo de Morrosquillo. Se identifican las siguientes asociaciones morfológicas:
Por la división político administrativa del municipio de Santiago de Tolú y el nuevo Municipio de Coveñas, actualmente en el Municipio de Santiago de Tolú geológicamente encontramos suelos de planicie, que corresponden a la porción de tierra plana, con pendiente entre 0 – 3 % de origen fluvio-marino. El suelo de planicie conforma el 100% del territorio del Municipio de Santiago de Tolú.
La hidrografía del municipio está representada por Aguas Subterráneas, Aguas Marinas y Aguas superficiales conformadas principalmente por Arroyos, Caños y Ciénagas, que forman distintas micro-cuencas, entre estas tenemos:
La Hidrografía marina del Municipio, que hace parte de la del golfo, está influenciada por la corriente que fluye del Este hacia el Oeste y la Contracorriente del Darién o Panamá.
En lo que tiene que ver con aguas subterráneas, los estudios de Ingeominas y de los investigadores holandeses, dieron como resultado que las fuentes de agua subterráneas presentes tienen una extensión de 4.000 Km2, siendo ésta la única posibilidad de captación de agua para el Municipio de Santiago de Tolú, debido a la falta de fuentes de agua superficiales permanentes. La sobreexplotación de las fuentes subterráneas ha ocasionado el avance de la cuña marina hacia el continente.
El clima del Municipio está determinado como típicamente tropical con las características normales del sector, como es la influencia de la zona intertropical caracterizada por la presencia de los vientos alisios.
Es común escuchar a los habitantes del municipio que en la zona existen zonas marcadas y diferenciadas, del mes de Abril hasta finales de Noviembre se presentan precipitaciones que marcan la época de invierno, con una sustancial situación intermedia en los meses de Junio y Agosto, denominada “veranillo de San Juan”. La otra época va de Diciembre a Abril y se caracteriza por la escasez de lluvias y es denominada verano. Las precipitaciones máximas están en el orden de los 250 mm (Junio) al mes y las mínimas en el orden de los 50 mm al mes (Enero y Marzo).
En lo relativo a temperaturas en el Municipio se han detectado
La flora y la fauna del Municipio de Santiago de Tolú, tiene representación terrestre o continental e insular, presentando una gran diversidad dependiendo de los sistemas de vientos, flujo y reflujo de las aguas marinas y continentales, encontrando una gran diversidad de bosques como: Bosque seco, bosque seco tropical y bosque muy seco tropical.
En todos estos bosques o territorios encontramos gran cantidad de especies tanto de flora como de fauna como es el caso de los manglares, que habitan en ciénagas y zonas costeras (continental e insular), y que en su interior se encuentran nichos constituidos por variedad de animales como reptiles, aves, peces y langostinos. Introduciéndonos más al continente encontramos una gran variedad de especies nativas e introducidas que se han adaptado a las condiciones adversas del clima. Entre las representantes de la fauna tenemos:
Los manglares representan ecosistemas abiertos a los flujos de materia y energía, de los cuales dependen. Se caracterizan por presentar componentes vegetales en un bajo grado de especialización, a los que se asocian un sinnúmero de especies vegetales y animales, otorgándoles un alto grado de complejidad biológica.
En la zona continental se divisan Robles, Vara de Humo, Indio Encuero, Camajón, Caracolí, Ceiba Tolúa, Ceiba de Leche y especies frutales como el Mango, Níspero, Guayaba y Tamarindo.