El Archipiélago de San Bernardo, situado en las afueras del Golfo de Morrosquillo, frente a Tolú y Coveñas, está conformado por 10 pequeñas islas (Boquerón, Cabruna, Palma, Mangle, Panda, Ceicen, Tintipán, Islote, Múcura y Maravilla) que tuvieron su origen en un complejo de arrecifes, algunas de cuyas partes emergieron. Como aquéllas, las islas de San Bernardo se encuentran sobre una plataforma coralina de gran belleza.

Las Islas de San Bernardo apenas sobresalen del mar y se encuentran cubiertas principalmente por manglares y vegetación tolerante a la salinidad. A ellas se asocia una interesante fauna de aves marinas e insectos; en algunas, además, se introdujeron palmas de coco y pastos, en un proceso reciente de ocupación que se basa en la construcción de fincas de recreo que conlleva una alteración, hasta ahora moderada, del ambiente.

La escasa población permanente del archipiélago está conformada por pescadores cuyo producto se lleva al continente. Las islas han conservado más o menos en buen estado sus condiciones naturales, hasta ahora bien defendidas por los zancudos que las hacen inhabitables, pero preocupa el auge del turismo que tiende a apropiarse de ellas y transformarlas.

El Archipiélago tiene una extensión aproximada de 255 km² e incluye un conjunto de ocho islas, un islote artificial y una serie de bancos y bajos coralinos de poca profundidad. Desde el año 1996, el archipiélago fue adherido al Parque Nacional Corales del Rosario, por el Ministerio del Medio Ambiente.

Las formaciones coralinas del archipiélago conforman un complejo arrecifal del que hacen parte de tapetes coralinos de escaso relieve, domos y bancos coralinos, en las que están representadas distintas comunidades coralinas. Cerca del 40 % de la extensión ocupada por las formaciones coralinas distribuidas entre 4 y 20 m de profundidad corresponde a arrecifes franjeantes y de parche.

El régimen climático e hidrográfico es el característico para esta región, con una precipitación promedio anual de alrededor de 1000 mm distribuida en dos épocas climáticas principales: una seca, de diciembre a abril, y otra lluviosa, de mayo a noviembre. La temperatura promedio anual del aire es 26.7°C. Las aguas que bañan las islas son relativamente transparentes, con una temperatura media de 28°C y una salinidad de 34.